Het enige verschil tussen FUT en FUE is de manier waarop de haarwortels worden genomen. Alle andere fases zijn hetzelfde.

Bij de FUE-techniek wordt de haarwortels in groepjes van 1 of 2 genomen.

Bij de FUT-techniek worden de haren collectief in groter bundels opgenomen door het expert team, waarna ze ieder afzonderlijk worden gesepareerd. Daar de wortels in grotere bundels genomen worden bestaat de mogelijkheid, dat er kleine littekens ontstaan, zoals een dunne lijn in de nek.

Hoewel bij iedereen dezelfde hechtingen gebruikt worden kunnen bij sommigen aan de kant waarvan de haren genomen worden afhankelijk van de voeding littekensweefsels ontstaan.

Bij de FUE-techniek zijn er geen littekens in de nek na de operatie.

Bij beide methodes zijn er in het gebied waar de transplantatie plaatsvindt geen littekens na de operatie en de getransplanteerde haren onderscheiden zich niet van de anderen.

Bij beide methodes zijn de transplantatie en anesthesie-fases hetzelfde.